Non è possibile aggiornare Fedora 9 direttamente a Fedora 11 usando yum, bisogna prima aggiornare a Fedora 10 e poi passare a Fedora 11. Consultare http://fedoraproject.org/wiki/it_IT/YumUpgradeFaq per maggiori informazioni. Si può inoltre usare preupgrade per passare direttamente a Fedora 11 usando anaconda, minimizzando il tempo di inattività del sistema poiché consente di scaricare i pacchetti prima dell'avvio del processo di aggiornamento.

Alcuni file di configurazione modificati verranno sostituiti dalle versioni originali durante l'avanzamento di versione. In tal caso le versioni modificate dall'utente di questi file di configurazione verranno salvate come file *.rpmsave.