Algunos usuarios se confunden con el uso del término sistema de archivos raíz tiene un significado diferente con relación a GRUB. Es importante recordar que el sistema de archivos raíz de GRUB no tiene nada que ver con el sistema de archivos raíz de Linux.

El sistema de archivos raíz de GRUB es el nivel superior del dispositivo especificado. Por ejemplo, el archivo imagen (hd0,0)/grub/splash.xpm.gz está ubicado dentro del directorio /grub/ en el nivel superior (o raíz) de la partición (hd0,0) (la cual es en verdad la partición /boot/ para el sistema).

Luego, se ejecuta el comando kernel con la ubicación del archivo del kernel como una opción. Una vez que el kernel de Linux inicia, establece el sistema de archivos raíz con el cual los usuarios de Linux están familiarizados. El sistema de archivos raíz de GRUB original y sus montajes se olvidan; la única finalidad de su existencia era arrancar el archivo del kernel.